При всей ограниченности и беспомощности прохоровского общеисторического анализа архитектуры его наблюдения заключали в себе важное открытие: он констатировал существенное отличие облика, который имели памятники во время его исследований, от их первоначального облика. Его описания – это горестное перечисление достроек, переделок, утрат, «иногда самых грубых и бессмысленных». Отсюда – вывод, к которому не пришли Снегирев и Мартынов, спокойно указывавшие на переделки или не замечавшие их: памятники «невозможно изучать… без археологической анатомии…

Необходимо отделить все последующие прибавления и восстановить их первоначальный облик». Значение этого вывода для историко-архитектурной методологии огромно, – следующий ее этап был связан с развитием «археологической анатомии».

Многие памятники кажутся Прохорову испорченными безнадежно: «… новгородская древняя София в настоящее время для нас не существует»; в других он зорко подмечает границы древнего и позднего: кровлю Спаса-Нередицы, до половины закрывшую окна барабана, поздние притвор и паперть собора Мирожского монастыря. Он предлагает гипотезы о первоначальном облике зданий, иногда верные (о полусферической форме глав ранних русских храмов), иногда базирующиеся на необоснованных обобщениях (так, он считал поздним декор Архангельского собора в Москве, поскольку вообще храмы времен Ивана III строги и скупы в орнаментации). За эту склонность М. В. Красовский назвал Прохорова «синтетиком и систематиком».